「世界充滿了光明」、「世界將永遠被黑暗籠罩……」青年艾菲莫想要找出預言者的秘密，而聯盟領導者們則被主人（他）別有所指的話耍得團團轉。預言書理應記載了未來所有會發生的事情。「但這次的事，預言書上到處都找不到……」

鑰刃是僅限擁有強大心靈的人才能使用的鑰匙型武器。泰拉、菲恩圖斯和亞克雅這３位年輕人，為了當上鑰刃持有者當中特別優秀的人才有資格擔任的「鑰刃大師」，一起跟著艾拉庫斯大師修行。但因黑暗怪物無識者開始在世界四處橫行，３人懷著各自的目的啟程前往外面的世界。他們並不知道的是，賽亞諾特大師正在暗自策劃再次掀起鑰刃戰爭……

亞克雅獨自被留在黑暗世界。在這個連回憶都會破壞的世界，一個人漫無目的地四處徘徊。她的眼前出現泰拉和菲恩圖斯的幻影……亞克雅在黑暗世界繼續前進，出現在她眼前的這個佈滿荊棘的地方，與她在「Enchanted Dominion」看到的一模一樣。

在夜空繁星全都是無數其他世界的光明世界，這些星星因沒有心的存在「無心者」而逐漸被黑暗吞噬。此時，一個手持鑰匙型武器「鑰刃」的少年索拉，因為原本居住的世界消失在黑暗中，於是和唐老鴨及高飛一起前往各式各樣的世界旅行。他身為被鑰刃選中的人，必須鎖上世界的「鑰匙孔」，以阻止黑暗入侵，還要找到失散的童年玩伴里克與凱莉……

「XIII機關」是為了完成「以人心形成的王國之心」而暗中行動的組織。成為其中一員的洛克薩斯，過著每天只是聽從組織命令的日子，並逐漸與負責帶他的亞克賽爾和新成員席恩變成朋友，他也開始思考自己究竟是什麼人。後來因為一些小誤會，使３人的友誼產生裂痕，席恩和洛克薩斯則必須各自面對重大的選擇。這是少年少女們，有時歡笑，有時苦惱，發生在358天內的故事……

索拉等人結束與黑暗探究者安賽姆為了「王國之心」展開的死鬥後，為找尋在戰鬥最後失散的國王和里克而持續旅行。旅行途中，３人來到一座名為「遺忘之城」的奇妙城堡。當他們深入城堡，少女娜米奈藉由能控制記憶的力量，讓索拉逐漸忘記真正的回憶，取而代之的則是虛假的記憶。另一方面，里克也和索拉一樣來到遺忘之城，朝城堡的地下深處走去。

在夕陽永不沉沒的黃昏鎮，少年洛克薩斯與朋友們一起度過所剩無幾的暑假。當他的微小幸福宣告結束，鑰刃勇者索拉便從長達一年的沉睡中甦醒，與唐老鴨和高飛再次展開冒險。他得從破壞和平的無存者和無心者，以及企圖獲得「王國之心」的神秘組織「XIII機關」的魔掌中拯救世界，而且這次一定要帶著摯友里克回到故鄉的那座島……

記錄著索拉等人旅行經過的第一本吉明尼筆記突然變得一片空白，並出現彷彿別有含意的文字。國王為了解開這段訊息的祕密，將吉明尼筆記化為資料開始分析。但重現了筆記內容的資料世界中，卻產生原因不明的異狀。身負解決異狀任務的資料索拉，將透過在資料世界的冒險，面對沉睡在索拉內心的「痛楚」。

經過兩次冒險，索拉和里克打倒覬覦「王國之心」的黑暗探究者安賽姆與XIII機關首領傑姆納思。但這也代表一切的幕後黑手賽亞諾特大師就此復活。唯有接受大師資格考試，學會「解放沉睡心靈之力」，才能對抗賽亞諾特等人的黑暗勢力。索拉和里克下定決心接受考試，前往沉睡世界，但賽亞諾特再次對他們兩人伸出魔掌……